1、购买时，因为功能较多，电路较多，水箱结构复杂，所以价格比普通马桶价格高。
2、智能马桶要求马桶上的瓷质品质较高，以便更好的达到自洁冲洗的功能，所以成本较高。
3、智能马桶的冲水方式有别于传统马桶，所以对水箱内的装置要求很高，因此造价成本会高一些。那就是价格比较高。维修费用高，老人儿童上手较慢。但是如果经济条件允许，选择智能马桶是一个不错的选择。
4、老人、儿童难操作 智能座便器的一侧往往配有一个按钮繁多的操作面板，或是配有一支按钮更为繁多的遥控器。这就无疑为老人、儿童增加了操作难度。如果误操作，也许无法顺利达到喷水、加热、除臭等效果，甚至还可能造成产品本身电路故障。
5、目前的智能马桶盖大多为圆弧形马桶，并不适用方形马桶。并且智能马桶盖对水箱与便座前端的距离、安装孔间距离等具有限制，尺寸不合适的话就无法安装智能马桶盖。
